建寺原因公元七世纪，松赞干布统一吐蕃各部落以后，向唐王朝和尼泊尔求婚娶文成公主和尺尊公主入藏，从而佛教从内地和尼泊尔相继传入。吐蕃松赞干布在文成公主和尼泊尔尺尊公主的影响下，崇奉佛教。当时，准备建寺供奉两位公主入藏时带来的佛像。文成公主运用阴阳五行及易理，观看地形，寻找适合建寺的基地时，发现吐蕃的地形乃罗刹女仰卧身形，建寺过程0现许多阻碍，为了镇压罗刹女，建寺顺利成功，松赞干布采纳了文成公主的主张，吐蕃各地见了很多寺庙，大昭寺以镇其心脏，并于四周建立镇压女魔肘部和膝盖等部位的寺庙。

　　扎东寺是尺尊公主的主持和扶助下建的，属于后建的四大寺庙之一，其一镇压右肘而建在东虎头上的贡布普曲寺；其二镇压左肘而建的南龙冠上的功鼎金寺；其三镇压右膝盖而建在西红鸟背上的弥勒格杰寺；其四镇压左膝盖而建在北乌龟额头上的扎东寺。

　　扎东寺藏语意为所座落的这座山从东南或西面卓玛拉山的高处看望，这山很像一只乌龟停留在此地，这座寺就建在乌龟的额头部位上，扎东系藏语意思是额头置上之意，原先该寺叫扎阿孜寺庙，这是取名的原因之一；另一个说法是当时该寺的主供佛一面普明宏光佛，这尊佛是从印度带入该寺，这尊佛的佛像内藏有七根光音天佛（极光净）的真实头发，因此叫扎东（七根头发）寺。

　　扎东寺历史价值据历史记载该寺是阿里神山的必经之门，原该寺周围有17座佛塔，转13次（包括佛塔和该寺左则的卓玛山）这座寺庙相当于转一次阿里的冈底斯神山，曾“哈萨克”入侵现在的仲巴县一带，其目的是抢劫佛经和文物，但扎东寺在云雾的笼罩下，没有发现该寺的存在，保存完好，具有神奇而无量的佛法福力。

　　吐蕃王朝政权崩溃、瓦解后，扎东寺由吐蕃王浪塔玛的儿子欧松的后裔贡当氏族管理，一直到20世纪。在此期间，由于管理不严，该寺的正常宗教活动议事荒废。寺庙虽然维修了几次，但是没有坚持到底，未完成寺庙的修缮工作。曾五世0喇嘛掌握西藏政教合权，建立噶丹颇章政权后，对扎东寺进行了一次大规模的维修；1902年，十三世达喇嘛土旦嘉措为了彻底修缮好该寺，专门派了建造技术人员，并且所有的开支都有地方政府来承担。维修完成后，从萨嘎塔杰林寺派五名僧人到扎东进行宗教活动。1959年的一段时间，由于密宗管理该寺，扎东寺在当地群众及尼泊尔木斯塘的群众中有一定的影响，是全西-史较长的寺庙之一。

　　该寺庙在文革期间受到毁损，大量文物散失无余，佛像经典法器被砸或焚毁，经卷流失。西藏和平解放后，党中央实行宗教信仰自由政策，在原有的基础上重新维修该寺庙，形成了现有的规模相对较大的扎东寺。

　　扎东寺的大金堂分三部：最里面是由四根柱子组成的大堂，在这供捧了莲花生大师（当地个体户索朗多杰于2000年投资修建的）、释迦牟尼、普明宏光佛、金刚和绿度母等佛像，摆放的佛经是属于甘珠尔，大堂门前的台阶上有一个小洞，许多朝拜者和当地牧群说这洞可以分辨每个人罪孽的轻重，根据历史的记载和壁画证明，这时该寺的主供佛是一面普明宏光佛，这佛像是从印度的一个湖里诞生，最后带入该寺，因此对着这洞听罪孽轻者从洞里听得出斑头雁在湖中玩耍的声音，重者听不到；中间是四根柱子组成的四大天王殿，佛经是丹珠尔；下面有两根柱子组成的两位门神(马头明王和不动忿怒明王)殿还有四根柱子组成的护法神履，旁边是由四根柱子组成的金手菩萨的般若室，殿门抢履南侧是马头金刚的般若室，里面有密宗事部三怙主的佛殿。该寺的壁画里主要有莲花生八号、八大随佛子、药师八佛和密宗三怙主等。

　　扎东寺传说据传说格萨尔王前往西部攻打达尔斯王时，曾经过该寺，该寺左则的转寺路边石头上显现各种足迹，有格萨尔王的坐骑江贵占堆的马蹄和格萨尔王的宝座，还有一个深为二十五公分左右的石盘，传说是格萨尔王的妻子斯江珠姆洗发的用具，离这不远处还有她装酥油的小石盒。转寺的路边还有一个深为十公分左右的石洞，据当地牧民传说是洗罪之洞，很多朝拜者转寺时把自己的手放进这洞，祈求洗脱自己今世的罪孽。

　　这尊佛像由西藏拉萨信教群众修建。